A nivel del cantón no existe ninguna área que forme parte del Sistema Nacional de Áreas Protegidas y Bosques Protectores, frente a ello, en el año 2002, se  aprueba  la Ordenanza Bicantonal (Pedro Moncayo –Otavalo) para la  “Protección y  Conservación de la Zona del Mojanda”.

FLORA.

La zona del Mojanda es considerado un ecosistema único de gran importancia  ecológica, hidrológica, biológica, económica, social, cultural, histórica y turística, por ello se realizan varios esfuerzos para   su  conservación y en algunas áreas  la recuperación.

La superficie aproximada  que protege la  ordenanza mencionada, es de  10.000 hectáreas las cuales se ubican  a partir de la cota de los 3.000msnm.

En la parroquia se cuenta con una aérea aproximada de trescientas hectáreas de paramo, chaparros y bosque nativo que está en manos de dos asociaciones Mojanda y Guaraquí grande, que pertenece a compañeros moradores de la parroquia con quienes se ha iniciado un proceso de negociación para convertirlas en patrimonio parroquial y reserva de agua. 

No existe una cubierta vegetal natural original, predominan los pajonales con las especies de los géneros Estipa, Calamagrostis y Festuca, en asociación con el romerillo, mortiño, orejuela, sacha, chocho, chuquiragua, valeriana.

Dentro de este paisaje se encuentra vegetación secundaria, en la que predominan la sacha peral o chachacoma, quishuar, y sobre morenas provenientes de los glaciales, o a lo largo de los riachuelos, se encuentran los quishuares, polylepis formando macizos compactos. Con el incremento de altitud, los árboles y arbustos se vuelven cada vez más escasos, sin embargo el arbusto que más se encuentra es el lorocaria thuyoides. En los límites inferiores se ve un aumento progresivo en el tamaño y densidad de la vegetación leñosa, mientras los pajonales, como las especies propias del páramo, van desapareciendo.

FAUNA.

En Mojanda  la fauna está conformada por varias especies como: quilicos, perdis de páramo, mirlos, quinde de cola larga, quinde café, torcazas, pava de monte, lobo de páramo, conejo de páramo, chucuri, zorrillo, zacha cuy, pumas, en las lagunas habitan patos, patillos y truchas. Hay que añadir que de manera esporádica se puede encontrar cóndores ya que se encuentran en proceso de extinción.

En referencia a la flora se encuentra diversas especies como: romero de monte, chuquiragua, wicundo, achupalla, allpa-chocho, quishuar, zarcillejo, paja, zitzi, arrayán, mora, mortiño, cerote, yagual (árbol de papel), pumamaqui.